在现代社会中,并存着人类和口袋妖怪。人类与它们和谐相处,并且有许多和口袋妖怪有关的职业,像培育师、训练师等。口袋妖怪们平时可以被缩小收入一个叫做精灵球的球内,被训练师带在身上或放在口袋中,口袋妖怪因此得名。故事的主角是一名口袋妖怪训练师,以成为一名最好的训练师为目标,踏上了与其他训练师切磋战斗的奋斗之路。路途中发生了各种有趣的事情,主角也认识了许多好朋友,他们一起在走在努力成为优秀训练师的路上。
主线剧情为火箭队争夺阿尔宙斯的生命宝玉唤醒远古神兽.而主角被卷入一系列事件中
游戏引擎按例是宝石系列的引擎,剧情方面改进很多。
游戏的画风并没有太大改变,只是人设做了相当大的调整,角色看起来更Q版化。